Projecten per jaar
Beschrijving
run_epcr.py is a Python script for batch in-silico PCR and probe finding. It scans an input directory for genome FASTA files and runs in-silico PCR on each file in parallel, reporting amplicons and probe matches.
Features:
Supports batch and single-genome in-silico PCR.
Handles IUPAC ambiguity codes in primers and probes.
Allows fuzzy matching (mismatches and indels).
Parallel processing using multiple CPU threads.
Outputs results as TSV tables, FASTA files, and amplicon count matrices.
Logging to file and console.
Latest version at https://gitlab.ilvo.be/stevebaeyen/run_epcr
| Datum ter beschikking | 29-jul.-2025 |
|---|---|
| Uitgever | Zenodo |
| Datum van dataproductie | 29-jul.-2025 |
Projecten
- 2 Actief
-
EURL PH BAC 25-27: Europees Referentielab Plantengezondheid - bacteriën
Venneman, J. (Onderzoeker), Baeyen, S. (Projectmedewerker) & De Paepe, B. (Projectmedewerker)
European Health and Digital Executive Agency
1/01/25 → 31/12/27
Project: Onderzoek
-
EXORAL: Voorbereiden op de introductie van exotische stammen van het Ralstonia solanacearum species complex (m.n. van Ralstonia pseudosolanacearum en Ralstonia syzygii) – valorisatie van cultuurcollecties en validatie van diagnostiek en methoden voor epidemiologische monitoring
Venneman, J. (Projectverantwoordelijke), Van Vaerenbergh, J. (Onderzoeker), Baeyen, S. (Projectmedewerker) & Slos, D. (Projectmedewerker)
1/05/24 → 30/04/26
Project: Onderzoek