Projecten per jaar
Beschrijving
This repository contains a Snakemake bacterial assembly QC pipeline to perform quality control. It will use Quast (metrics), CheckM2 (completedness and contamination), Busco (completedness), skANI (taxonomic assignment against GTDB with ANI). It will also produce a Busco plot summary, a beeswarm plot of N50 and number of contigs, and an excel file with Quast, CheckM2 and skANI summaries. The latest version of the scripts can be found at https://gitlab.ilvo.be/genomics/wgs/bacterial-assembly-qc-snakemake
Versie
1.0.0
| Datum ter beschikking | 30-aug.-2024 |
|---|---|
| Uitgever | Zenodo |
| Datum van dataproductie | 30-aug.-2024 |
Projecten
- 2 Actief
-
EXORAL: Voorbereiden op de introductie van exotische stammen van het Ralstonia solanacearum species complex (m.n. van Ralstonia pseudosolanacearum en Ralstonia syzygii) – valorisatie van cultuurcollecties en validatie van diagnostiek en methoden voor epidemiologische monitoring
Venneman, J. (Projectverantwoordelijke), Van Vaerenbergh, J. (Onderzoeker), Baeyen, S. (Projectmedewerker) & Slos, D. (Projectmedewerker)
1/05/24 → 30/04/26
Project: Onderzoek
-
SOURCETRACK: Bronidentificatie van bruinrot- en ringrotinfecties in België (1989–2021) door forensische analyse van de bacteriële genoomsequenties
Van Vaerenbergh, J. (Projectverantwoordelijke), Venneman, J. (Onderzoeker), Baeyen, S. (Projectmedewerker) & De Paepe, B. (Projectmedewerker)
1/03/24 → 28/02/25
Project: Onderzoek