Projecten per jaar
Persoonlijk profiel
Onderzoeksexpertise
moleculaire detectie en ecologie van plantpathogenen ; sequencing, assemblage en comparatieve genoomanalyse, metagenomics, computationele biologie, metatranscriptomics, RNA-seq
Opleiding/academische kwalificatie
Bio-Informatica, Advanced Bachelor, HOWEST Brugge
1-sep.-2016 → 28-jun.-2018
BSc Biochemie
Vingerafdruk
- 1 Vergelijkbare profielen
Collaboraties en top onderzoeksgebieden van de afgelopen vijf jaar
Projecten
- 3 Actief
-
EXORAL: Voorbereiden op de introductie van exotische stammen van het Ralstonia solanacearum species complex (m.n. van Ralstonia pseudosolanacearum en Ralstonia syzygii) – valorisatie van cultuurcollecties en validatie van diagnostiek en methoden voor epidemiologische monitoring
Venneman, J. (Projectverantwoordelijke), Van Vaerenbergh, J. (Onderzoeker), Baeyen, S. (Projectmedewerker) & Slos, D. (Projectmedewerker)
1/05/24 → 30/04/26
Project: Onderzoek
-
SOURCETRACK: Bronidentificatie van bruinrot- en ringrotinfecties in België (1989–2021) door forensische analyse van de bacteriële genoomsequenties
Van Vaerenbergh, J. (Projectverantwoordelijke), Venneman, J. (Onderzoeker), Baeyen, S. (Projectmedewerker) & De Paepe, B. (Projectmedewerker)
1/03/24 → 28/02/25
Project: Onderzoek
-
CTRL-PSEUDO: Naar een alternatieve en onderbouwde controle van Pseudomonas infecties in peer en kers
Cottyn, B. (Projectverantwoordelijke), Venneman, J. (Projectbegeleider), Baeyen, S. (Projectmedewerker) & Van Malderghem, C. (Projectmedewerker)
1/12/22 → 30/11/26
Project: Onderzoek
-
High-quality draft genome sequences of five Xanthomonas arboricola pv. fragariae isolates
Gétaz, M., Baeyen, S., Blom, J., Maes, M., Cottyn, B. & Pothier, J. F., 15-feb.-2018, In: Genome Announcements.Vertaalde titel van de bijdrage :Hoge kwaliteit genoomsequenties van 5 Xanthomonas arboricola pv. fragariae isolaten Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Open Access -
Genetic characterization of strains named as Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae leads to a taxonomic revision of the X. axonopodis species complex
Constantin, E., Cleenwerck, I., Maes, M., Baeyen, S., Van Malderghem, C., De Vos, P. & Cottyn, B., 1-mei-2016, In: Plant Pathology. 65, blz. 792-806 15 blz., Doi:10.1111/ppa.12461.Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Open Access -
Pathogenicity and virulence gene content of Xanthomonas strains infecting Araceae, formerly known as Xanthomonas axonopodis pv. dieffenbachiae
Constantin, E., Haegeman, A., Van Vaerenbergh, J., Baeyen, S., Van Malderghem, C., Maes, M. & Cottyn, B., 27-mrt.-2017, In: Plant Pathology. 16 blz., doi:10.1111/ppa.12694.Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Open Access -
Isolation and characterization of Pseudomonas syringae pv. porri from leek in Flanders
Rombouts, S., Van Vaerenbergh, J., Volckaert, A., Baeyen, S., De Langhe, T., Declercq, B., Lavigne, R. & Maes, M., 2016, In: European Journal of Plant Pathology. 144, blz. 185-198Vertaalde titel van de bijdrage :Isolatie en karaterisatie van Pseudomonas syringae pv.porri op prei in Vlaanderen Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschrift › A1: Web of Science-artikel › peer review
Datasets
-
Snakemake workflow for bacterial genome assembly QC
Baeyen, S. (Maker), Zenodo, 30-aug.-2024
DOI: 10.5281/zenodo.13596660, https://gitlab.ilvo.be/genomics/wgs/bacterial-assembly-qc-snakemake
Dataset
-
Snakemake workflow repository for Illumina bacterial assembly and QC
Baeyen, S. (Maker), Zenodo, 30-aug.-2024
DOI: 10.5281/zenodo.13598098, https://gitlab.ilvo.be/genomics/wgs/illumina-bacterial-assembly-snakemake
Dataset
-
BioProject PRJNA729255
Baeyen, S. (Maker), NCBI, 12-mei-2021
DOI: bioproject/PRJNA729255, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA729255
Dataset
-
NCBI BioProject PRJNA873298
Baeyen, S. (Maker), NCBI, 23-nov.-2022
DOI: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA873298, https://www.ncbi.nlm.nih.gov/bioproject/PRJNA873298
Dataset
Activiteiten
-
BSc Bio-informatica
Baeyen, S. (Deelnemer)
15-sep.-2016 → 30-jun.-2018Activiteit: Deelnemen aan een evenement of er een organiseren › Organisatie en deelname aan een workshop, opleiding, seminarie
-
Metagenomics training VIB-BiTS
Baeyen, S. (Deelnemer)
16-sep.-2016Activiteit: Deelnemen aan een evenement of er een organiseren › Organisatie en deelname aan een workshop, opleiding, seminarie
-
VIB-BITS Biopython Training (2016)
Baeyen, S. (Deelnemer)
24-mrt.-2016 → 25-mrt.-2016Activiteit: Deelnemen aan een evenement of er een organiseren › Organisatie en deelname aan een workshop, opleiding, seminarie
-
Python scripting
Baeyen, S. (Deelnemer)
1-jun.-2015 → 3-jun.-2015Activiteit: Deelnemen aan een evenement of er een organiseren › Organisatie en deelname aan een workshop, opleiding, seminarie
-
MG-RAST course
Baeyen, S. (Deelnemer)
17-sep.-2014 → 18-sep.-2014Activiteit: Deelnemen aan een evenement of er een organiseren › Organisatie en deelname aan een workshop, opleiding, seminarie