Detectie van virusdragende Xiphinema spp. als een alternatief voor Xiphinema identificatie tot op species niveau in de handel

Projectdetails

Beschrijving

Centrale onderzoeksvraag/doel

Nematoden (aaltjes in de bodem) kunnen in bepaalde gevallen virussen overdragen die niet wenselijk - of zelfs verboden - zijn in de plantgoedwereld. Het project XIPHVIR mikt op methode-ontwikkeling om deze zogenaamde nepovirussen te detecteren. Dit zijn de onderzoeksvragen: 1) Welke methoden zijn er momenteel al beschikbaar om (nepo)virussen in planten en nematoden te detecteren, en welke van deze bieden de beste opties als performante generieke methode om de verschillende nepovirussen (in subgroepen) op te sporen? 2) Kunnen we een geoptimaliseerde en gevalideerde methode(n) aanbieden voor de detectie van virussen in de nematoden? De nadruk ligt op specificiteit, gevoeligheid en robuustheid van de methode. 3) Hoe presteert deze methode voor de detectie van virussen in nematoden in het kader van een interlaboratoriumtest? Via deze interlaboratoriumtest zullen ook andere parameters zoals herhaalbaarheid en reproduceerbaarheid worden beoordeeld. 4) Is nanopore sequencing (MinIon-strategie), als snelle methode om (nepo)virussen in nematodenmonsters te identificeren, een alternatieve optie voor de toekomst? 


Onderzoeksaanpak

We beginnen met een screening, zowel uit de wetenschappelijke literatuur, de interlaboratorium-testrapporten als uit de praktijk, van de huidige methoden om nepovirussen in planten en nematoden te detecteren. We selecteren de meest performante generieke methode voor de detectie van de verschillende subgroepen van neopvirussen. We verzamelen Xiphinema spp. en vestigen de culturen ervan. We optimaliseren en valideren de geselecteerde methode(s) voor virusdetectie in de nematoden. We stellen een gestandaardiseerd all-inclusive protocol op, te beginnen met nematodenextractie, RNA-extractie, virusdetectie en virusidentificatie. Via een interlaboratoriumtest evalueren we de gevalideerde methoden van virusdetectie bij nematoden. In een korte eerste proef op een klein aantal geselecteerde nematodenmonsters met bekende virusstatus beoordelen we de haalbaarheid om nanopore-sequencing (MinIon-strategie) te gebruiken als een snelle, betrouwbare methode om nepovirussen in nematodenmonsters te identificeren. 


Relevantie/Valorisatie

Kwekers van en handelaars in planten hebben baat bij een snelle en betrouwbare diagnosemethode terzake. De onderzoekers menen dat hun te ontwikkelen methode van detectie van de virussen in aaltjes geassocieerd met verhandeld plantgoed (met aanhangende grond) kan leiden tot een gunstige want meer specifieke fytosanitaire regeling: Momenteel mogen er geen planten worden geïmporteerd die de soorten bevatten van de X. americanum-groep waarvan wordt erkend dat ze bepaalde virussen kunnen overdragen. Dit kan soepeler door te eisen dat de (echte) aanwezigheid van een nepovirus in het aaltje wordt bevestigd. Op het methodologisch-wetenschappelijk vlak ligt de relevantie van dit project erin dat de aanpak van DIT priject later ook kan toegepast worden op andere nematodengeslachten die virussen overdragen.

AcroniemXIPHIVIR
StatusIn uitvoering
Effectieve start/einddatum1/07/2030/06/22