Evaluatie en optimalisatie van een high-throughput sequencing (HTS) gebaseerde strategie voor de detectie van virussen en bacteriën, in functie van de certificering en in vitro therapie voor het creëren van virusvrije moederplanten

Projectdetails

Beschrijving

Centrale onderzoeksvraag/doel

Virusvrij uitgangsmateriaal (zaden, stekken, plantgoed, weefsel...) van commerciële gewassen maken en een bruikbare technologie aanleveren aan de sector om dit te bereiken, dat is het doel van dit onderzoeksproject. We mikken met name op teelt-specifieke procedures op basis van high-throughput sequencing (HTS). Bedoeling is om die procedures te evalueren en verder te optimaliseren voor gebruik in zowel de certificering (boomkwekerij en fruitbomen), de in vitro sector, als voor het bekomen van virusvrije moederplanten. De verschillende doelgroepen krijgen dus een op maat aangepaste HTS-strategie voor hun nood aan detectie van virussen en ook van (specifieke) bacteriën. De implementatie van HTS technologie op bredere schaal betekent naar verwachting meer snelheid, performantie, accuraatheid, een lagere kostprijs en het zal vrijwel zeker een flinke (gunstige) economische impact op de betrokken professionele actoren.


Onderzoeksaanpak

Per gewasgroep (deelsector) ontwikkelen of verbeteren we een optimale extractiemethode, en valideren we een eenvoudige, snelle en betaalbare HTS-strategie, inclusief een efficiënte data-analyse. We bepalen daarbij ook het fytosanitair risico van de aangetroffen bekende en onbekende virussen. Vervolgens testen en valideren we in vitro technieken voor virus eradicatie en we maken daarvan een algemene kostenbatenanalyse. We helpen de betrokken eindgebruiker-bedrijven bij de praktische integratie in hun bestaande analyseprocedures. We treden in overleg met de beleidsinstanties om tot een verbeterde, erkende en werkbare certificeringsstrategie te komen. Daar bovenop gaan we na in welke mate de bekomen data nuttig zijn voor detectie van specifieke bacteriën en andere pathogene organismen.


Relevantie/Valorisatie

De implementatie van HTS technologie kan volgens de onderzoekers de kosten in de virusdetectie bij planten  aanzienlijk reduceren. Eerdere studies wijzen op een daling in certificeringskost van ruwweg 80% (Al Rwahnih, UC Davis USA, 2017). Daarnaast en daardoor verwachten we een positieve impact op de concurrentiepositie van Belgische vermeerderingsbedrijven. De deelnemende bedrijven zijn in een wedloop verwikkeld met de buitenlandse concurrentie. Wie zijn klanten plantgoed kan leveren met een gegarandeerde virusvrije status wint de markt. Absolute virusvrijheid wordt meer en meer een must voor vermeerderingsmateriaal en hun eindproducten. Zo zijn de toetsingseisen bij internationale plantenhandel aan het veranderen (verstrengen) in het kader van de in 2019 geïmplementeerde nieuwe plantengezondheidswet en de opsplitsing in Q-organismen en RNQP-organismen. De onderzoekers plannen een zeer brede disseminatie en communicatie over hun projectresultaten voor de betrokken stakeholdergroepen. 


Financiering
VLAIO

Externe partner(s)
PCS - Proefcentrum voor de Sierteelt
Ugent - Fac. Bio-ingenieurswetenschappen
AcroniemVIRVRIJUIT
StatusIn uitvoering
Effectieve start/einddatum1/09/2131/08/25