Evaluatie en optimalisatie van een high-throughput sequencing (HTS) gebaseerde strategie voor de detectie van virussen en bacteriën, in functie van de certificering en in vitro therapie voor het creëren van virusvrije moederplanten

Algemeen kader

Virusvrij uitgangsmateriaal (zaden, stekken, plantgoed, weefsel...) van commerciële gewassen maken en daarvoor een bruikbare technologie, gebaseerd op high-throughput sequencing (HTS) aanleveren, dat was het doel van het onderzoeksproject VIRVRIJUIT. Concreet zijn er stappen gezet in het uittesten en implementeren van teelt-specifieke HTS procedures. De verschillende beschikbare procedures zijn geëvalueerd en, indien van toepassing, verder geoptimaliseerd voor gebruik in zowel de certificering (boomkwekerij en fruitbomen), de in vitro sector, als voor het bekomen van virusvrije moederplanten. Voor de verschillende doelgroepen is er een op maat aangepaste HTS-strategie die een antwoord biedt op de nood aan detectie van virussen en zelfs van (specifieke) plantenbacteriën. De implementatie van deze HTS technologie op bredere schaal is volgens de onderzoekspartners een meerwaarde: meer snelheid, performantie, accuraatheid, een lagere kostprijs invirusdetectie en dus  vrijwel zeker een flinke (gunstige) economische impact bij de betrokken professionele actoren.

Onderzoeksaanpak

Per gewasgroep (deelsector) is eerst een geschikte extractiemethode geoptimaliseerd. Er bestaat voortaan ook een eenvoudige, snelle en betaalbare HTS-strategie, inclusief een efficiënte bijhorende data-analyse. Voor de verschillende uitgevoerde cases is bovendien het fytosanitair risico van de aangetroffen bekende en onbekende virussen geëvalueerd. Ten behoeve van de in vitro sector zijn een reeks verschillende virus eradicatie technieken geëvalueerd, zoals thermotherapie, cryotherapie en chemotherapie. Overkoepelend voor alle cases en strategieën werd ook een algemene kostenbatenanalyse uitgevoerd. De ILVO onderzoekers blijven de expertise te beschikking stellen om de betrokken eindgebruiker-bedrijven bij de praktische integratie van de technologie in hun bestaande analyseprocedures op te volgen. In overleg met de beleidsinstanties is de weg ingezet naar een meer werkbare, erkende certificeringsstrategie. 

Relevantie/Valorisatie

De implementatie van HTS technologie kan volgens de onderzoekers de kosten in de virusdetectie bij planten aanzienlijk reduceren. Eerdere studies wijzen op een daling in certificeringskost van ruwweg 80% (Al Rwahnih, UC Davis USA, 2017). Daardoor valt een positieve impact op de concurrentiepositie van Belgische vermeerderingsbedrijven te verwachten. De deelnemende bedrijven blijken ook echt in een wedloop met de buitenlandse concurrentie verwikkeld. Wie zijn klanten plantgoed kan leveren met een gegarandeerde virusvrije status wint de markt. Absolute virusvrijheid wordt meer en meer een must voor vermeerderingsmateriaal en hun eindproducten. Zo zijn de toetsingseisen bij internationale plantenhandel aan het veranderen (verstrengen) in het kader van de in 2019 geïmplementeerde nieuwe plantengezondheidswet en de opsplitsing in Q-organismen en RNQP-organismen.

 

Financiering
VLAIO