Extractie van Verticillium microscleroten uit grondstalen

Algemeen kader

In dit project ontwikkelen we een alternatieve, snelle, en preciezere methode om microscleroten van de schimmel Verticillium in bodems te detecteren, te identificeren en te kwantificeren. Verticillium is een plantpathogene schimmel. De typische microscleroten die hij vormt in de bodem zijn overlevingsstructuren die een primaire infectiebron zijn voor de plant. Tot op heden worden microscleroten in de bodem gedetecteerd d.m.v. een klassieke uitplatingstechniek. Deze techniek heeft echter 3 nadelen: (1) er kan slechts een kleine hoeveelheid grond geanalyseerd worden, (2) het is moeilijk om verschillende Verticillium species te onderscheiden en (3) de methode neemt veel tijd in beslag (minstens 4 weken). Met een nieuwe methode willen we deze nadelen wegwerken. Een expliciet doel is om een onderscheid te kunnen maken tussen de verschillende Verticillium soorten die in de bodem kunnen voorkomen, omdat elke soort een ander pathogeen spectrum t.a.v. de plant heeft.

Onderzoeksaanpak

We ontwikkelen enerzijds real-time PCR assays die specifiek verschillende Verticillium species (V. tricorpus, V. longisporum, & V. dahliae) kunnen onderscheiden. Anderzijds stellen we een techniek op punt op basis van sucrose flotatie om grote hoeveelheden grond (tot 100g) te kunnen analyseren.

Relevantie/Valorisatie

Het beoogde doel is inmiddels bereikt. De nieuwe techniek, sucrose flotatie gekoppeld met real-time PCR, kan specifieker, gevoeliger en sneller de aanwezigheid, de soort en de aantallen microscleroten van Verticillium species detecteren dan de klassieke uitplatingstechniek. De nieuwe techniek is gepubliceerd in een wetenschappelijk tijdschrift: “Debode, J., Van Poucke, K., França, S. C., Maes, M., Höfte, M., and Heungens, K. 2011. Detection of multiple Verticillium species in soil using density flotation and real-time polymerase chain reaction. Plant Dis. 95:1571-1580” en geïmplementeerd in het ILVO diaganose centrum (www.ilvodiagnosecentrumvoorplanten.be). ILVO kan voortaan sneller en specifieker advies geven aan de telers over de vraag in welke mate hun veld besmet is met een bepaald Verticillium species.