Ontwikkeling van screening methoden voor GGO's

    Projectdetails

    Beschrijving

    Centrale onderzoeksvraag/doel
    Het primaire doel van het GMOseek project is het ontwikkelen en valideren van verbeterde methoden en strategieën om GGO’s, inclusief niet-geautoriseerde GGO’s, te detecteren en te analyseren in voeding en voeder, en dit op een meer kosten- en tijdsefficiënte en pragmatische wijze. De onderzoekers beogen enerzijds een nieuwe bioinformatica "tool" voor het uitstippelen van efficiënte screening strategieën, en anderzijds nieuwe screening methoden, te introduceren binnen de Europese overheidslaboratoria die verantwoordelijk zijn voor de controle op aanwezigheid van GGO's.

    Onderzoeksaanpak
    Vooreerst verzamelen we theoretische en experimentele kennis omtrent de genetische elementen in GGO's. Deze brengen we samen in een eenvoudig samenvattend Excel tabblad "GMOmatrix" .Vervolgens bouwen we een gebruiksvriendelijk bio-informatica platform, genaamd "GMO seek algoritme" op basis van de verzamelde informatie. Het algoritme selecteert uit de matrix de optimale set aan genetische elementen dat dient als target voor screening, waarbij tevens nieuwe screening methoden ontwikkeld worden indien nodig. Tenslotte testen we het algoritme op werkelijke routine monsters voor GGO analyse. Deze tests leiden op hun beurt weer tot het verbeteren en continu updaten van de matrix.


     

    Relevantie/Valorisatie
    Het project voorziet in een bio-informatica tool, het GMOseek algoritme, die toelaat om op basis van een bepaalde klantgerichte vraag rond GGO analyse, een databank (GMO matrix) te raadplegen en de meest efficiënte set aan te testen parameters te selecteren. Een logisch vervolgtraject is om een beperkt toegankelijke website te lanceren waarop de matrix zowel als het algoritme toegankelijk wordt voor alle officiële laboratoria voor GGO analyses. Tevens wordt minstens een tiental nieuwe qPCR methoden verwacht voor screening en identificatie van GGO's. Elk van deze ontwikkelingen worden beschikbaar gesteld van de laboratoria.  Een laatste meerwaarde is dat de nieuwe testmethoden op interlaboratorium niveau worden gevalideerd.  


     
    AcroniemGMOSEEK
    StatusVoltooid
    Effectieve start/einddatum1/06/0931/05/13
    • The GMOseek matrix: a decision support tool for optimizing the detection of genetically modified plants

      Block, A., Debode, F., Grohmann, L., Hulin, J., Taverniers, I., Kluga, L., Barbau-Piednoir, E., Broeders, S., Huber, I., Van den Bulcke, M., Heinze, P., Berben, G., Busch, U., Roosens, N., Janssen, E., Zel, J., Gruden, K. & Morisset, D., 2013, In : BMC Bioinformatics. 14, 1, blz. 256 7 blz.

      Onderzoeksoutput: Bijdrage aan tijdschriftA1: Web of Science-artikel

    • Harmonised reference genes and PCR assays for GMO quantification

      Taverniers, I., Papazova, N., Allnutt, T., Baumler, S., Bertheau, Y., Esteve, T., Freyer, R., Gruden, K., Kuznetzov, B., La Paz, L., Nadal, A., Pla, M., Vojvoda, J., Wulff, D. & Zhang, D., nov-2012, Genetically Modified and Non-Genetically Modified Food Supply Chains: Co-Existence and Traceability. Bertheau, Y. (ed.). Wiley-Blackwell, blz. 273-292 19 blz.

      Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in Boek/Rapport/CongresprocedureBijdrage aan een boek/anthologie

    • The modular approach in GMO quality control and enforcement support systems

      van den Bulcke, M., Bellocchi, G., Berben, G., Burns, M., Kankar, K., De Giacomo, M., Gruden, K., Holst-Jensen, A., Malcewsky, A., Mazzara, M., Onori, R., Papazova, N., Parlouer, E., Taverniers, I., Trapmann, S., Wulff, D. & Zhang, D., nov-2012, Genetically Modified and Non-Genetically Modified Food Supply Chains: Co-Existence and Traceability. Bertheau, Y. (ed.). Wiley-Blackwell, blz. 294-306 14 blz.

      Onderzoeksoutput: Hoofdstuk in Boek/Rapport/CongresprocedureBijdrage aan een boek/anthologie